三清山的第一次大海浸发生于14亿年前的中元古界。那时三清山地区的地壳运动正处于“地槽”沉降阶段，海水浸没达4亿年之久，沉积数千米厚的双桥山群的复理式海相碎屑岩，并夹杂有海底火山喷发物。在“晋宁运动”后，才结束了地槽式沉降历史，地壳开始逐渐回返上升，出水为陆，三清山地区进入相对稳定的“地台”阶段。10亿年前，三清山地区成为华南洋中的一个岛弧，9-8.5亿年前后，洋盆消失、扬子古板块与华夏古板块碰撞，三清山地区恰处于古板块结合带。中生代以来，陆内A型俯冲与陆内伸展奠定了地质构造和地理格架，为三清山花岗岩地质地貌的形成、生物的繁衍以及人类的发展提供了优越的地质环境。
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